「For Geek Innovators」カテゴリーアーカイブ

For those geek innovators like YOU. Do you belong to clinicals? We welcome you DIY lovers!

チュートリアル：SCCToolKitのビルド

本プロジェクトは終了済みで，更新されていません．このページは当時の情報を保存する目的で公開しています．このため，このページに記載の内容・URL等の現時点での妥当性・有効性を保証するものではありません．ご注意ください．

ステップ0: 必要なファイルを集める

現在，SCCToolKitはMac OS X 10.7 – 10.10で動作を確認しています．これは，そのバージョン以降で使えるCoreImage，libdispatchライブラリとApple独自のC/C++言語仕様を用いているためです. SCCToolKitのソースファイルの他，次のファイルが必要です．

基本的にこれらを何処にインストールしても大丈夫です．お奨めはこの方法ですが，墨守する必要はありません．

ステップ1: SCCToolKitのダウンロード

SCCToolKitはGitHubからダウンロードできます.右下の方にある”Download ZIP”ボタンが便利です． これをクリックしてzipファイルをダウンロードして，ハードディスク内のお好きなところに展開して下さい．デフォルトでSCCToolKitなどとなっている親フォルダ名を変えても構いません．しかし，その中のファイル名とフォルダ名は変えないでください．またファイルやフォルダの階層構造を変えないでください．

ステップ 2: SCCToolKitのビルド

コマンドライン版のccmakeを使うやり方を紹介します．GUI版のCmakeを使うこともできます．ccmakeの使い方はここでは説明しません．

  1. コマンドcdで前のステップで展開したSCCToolKitのディレクトリへ移動
  2. コマンドmkdir build ; cd build
  3. コマンドccmake ..　デバッグにXcodeを使いたい場合は，ccmake -GXcode ..
  4. ‘c’キーを一度押す．ccmakeがOpenCV, Qt, DeckLink SDKの場所を探します．見つからない場合はエラーが出ますので，教えて上げて下さい．
  5. ccmakeで’g’キーを押せるようになるまで，’c’キーを何度か押す必要があります．’g’を押すとccmakeが終了します．
  6. コマンドmakeを実行．ライブラリとサンプルプログラムがビルドされます．
  7. 首尾良くビルドできた場合，makeコマンドが 100% doneと表示して終わります．
  8. サンプルを動作させてみて下さい．

ステップ 3: SCCToolKit内のAppsをビルドしてみる

Appsフォルダ内のプログラムは，ライブラリとは別にビルドする必要があります．前のステップとほぼ同じです．

  1. コマンド cd Apps/lkdemo
  2. コマンド mkdir build ; cd build
  3. コマンド ccmake ..
  4. cを一回押す．ccmakeは，SCCToolKitConfig.cmakeファイルの場所を尋ねてきます．今の例では../../buildにあるので，教えてあげます．
  5. SCCToolKitConfig.cmakeを見つけた後，’c’キーを何度か押すと’g’キーを押せるようになります．押すと設定を完了します．
  6. コマンド make　首尾良くビルドできれば，Appがbuild/bin/に出来上がっています
  7. 動作させてみて下さい

Qt 5.x Support

本プロジェクトは終了済みで，更新されていません．このページは当時の情報を保存する目的で公開しています．このため，このページに記載の内容・URL等の現時点での妥当性・有効性を保証するものではありません．ご注意ください．

SCCToolKitはQtバージョン5.xを使ってビルドできるようになりました．

変更点

  1. Qt 4かQt 5のいずれかをビルド時に選ぶことができます．１つのPCに異なるバージョンのQtを混在させることができます．
  2. ただし，OpenCVを”with Qt”を選択してビルドした場合は，SCCToolKitも同じバージョンのQtを使ってビルドする必要があります．SCCToolKitは自動的にどのQtがOpenCVのビルドに使われたかを読み込むことができます．
  3. その他のバグフィックス．

重要

Qt 5としては，Qt 5.6を当面使用することをお奨めします．理由は，

  1. Qt 5.6はlong term supportとして長期間（最低3年）サポートされることが表明されています．
  2. Qt 5.6のコア部分はLGPLv2が選択可能です（5.7からはLGLPv3，モジュールによってはLGPLがありません）
  3. Qt 5.5はウィジェットのレイアウトが崩れる問題を確認していましたが，Qt 5.6では解消されています．

なお，Qt 4のlong term support版はQt 4.8です．特段の理由が無い限り，Qt 5の使用をお奨めします．今後，徐々にQt 4のための機能強化を減らします．

新しいマクロ

Cmake/SCCToolKitUtils.cmake と Cmake/QtMacrosExtra.cmake をご覧下さい．

cmake 3.0 への互換性

本プロジェクトは終了済みで，更新されていません．このページは当時の情報を保存する目的で公開しています．このため，このページに記載の内容・URL等の現時点での妥当性・有効性を保証するものではありません．ご注意ください．

cmakeのメジャーバージョンアップ 3.0が6月11日に公開されました．互換性については至急調査します．当面は2.8.12を使うことをお奨めします．

＜2014/6/26 更新＞ 試した範囲では，cmake 3.0は問題なく動作します．

複数バージョンのQtをインストールしている場合

(2014年7月15日現在，Qt 5.xへの対応と複数バージョンのQtをインストールしている場合への対応を完了しました．この投稿に記載の内容は無視して下さい)

Qt関連のコンパイルエラーが出ることがあります．その場合，以下のように使いたいバージョンのQtのcmakeを指定してください．

ccmake -DQT_QMAKE_EXECUTABLE=(path to qmake of desired version) (path to SCCToolKit)

GUI版のcmakeを使う場合は，’Add Entry’ボタンを使ってQT_QMAKE_EXECUTABLE変数を設定してください．この作業を’Configure’を始める前にやることが重要です．

QT_QMAKE_EXECUTABLE

Support update (Apr 2014)

(As of July 15 2014, we completed Qt 5.x support and issues stated in this post)

Tools and libraries that we verified as of today.

  • Qt 5.x : cannot compile. Please use Qt 4.8.x
  • OS X 10.9 (Mavericks) : worked.
  • cmake 2.8.12 : fixed.
  • OpenCV 2.4.8 : worked.
  • Decklink SDK 10.0 : worked.

1) To date, SCCToolKit accepts Qt4 only. If you installed multiple Qt versions, see here. 2) Execute make. If you encounter warning message like

/Library/Frameworks/QtCore.framework/Headers/qglobal.h:331:6: warning: "This version of Mac OS X is unsupported"

This is because Qt 4.8.5 or older was not assumed to run on OS X 10.9 Maverics. If you want to dismiss it, Please use Qt 4.8.6. Or, please directly edit global.h around line 331 as this way.

# if !defined(MAC_OS_X_VERSION_10_9)
# define MAC_OS_X_VERSION_10_9 MAC_OS_X_VERSION_10_8 + 1
# endif
# if (MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED > MAC_OS_X_VERSION_10_9)

3) You may encounter many warning messages like

warning: 'device' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] ...
- (QTCaptureDevice *)device AVAILABLE_QTKIT_VERSION_7_2_AND_LATER_BUT_DE...

This appears because Apple deprecated QtKit to replace with AvKit. We are aware of this issue and plan to port to AvKit.(As of July 15 2014, we completed Qt 5.x support and issues stated in this post)

Tools and libraries that we verified as of today.

  • Qt 5.x : cannot compile. Please use Qt 4.8.x
  • OS X 10.9 (Mavericks) : worked.
  • cmake 2.8.12 : fixed.
  • OpenCV 2.4.8 : worked.
  • Decklink SDK 10.0 : worked.

1) To date, SCCToolKit accepts Qt4 only. If you installed multiple Qt versions, see here. 2) Execute make. If you encounter warning message like

/Library/Frameworks/QtCore.framework/Headers/qglobal.h:331:6: warning: "This version of Mac OS X is unsupported"

This is because Qt 4.8.5 or older was not assumed to run on OS X 10.9 Maverics. If you want to dismiss it, Please use Qt 4.8.6. Or, please directly edit global.h around line 331 as this way.

# if !defined(MAC_OS_X_VERSION_10_9)
# define MAC_OS_X_VERSION_10_9 MAC_OS_X_VERSION_10_8 + 1
# endif
# if (MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED > MAC_OS_X_VERSION_10_9)

3) You may encounter many warning messages like

warning: 'device' is deprecated [-Wdeprecated-declarations] ...
- (QTCaptureDevice *)device AVAILABLE_QTKIT_VERSION_7_2_AND_LATER_BUT_DE...

This appears because Apple deprecated QtKit to replace with AvKit. We are aware of this issue and plan to port to AvKit.

Support update (Feb 2014)

NOTE: This project is ‘dormant’ and no longer updated. This page is posted for referencepurpose. Contents here may not be valid under current environment.

As of Feb 06, we examined the following latest software used to build and run SCCToolKit.

  • Qt 5.x : cannot compiled.
  • OS X 10.9 (Mavericks) : worked.
  • cmake 2.8.12 : fixed.
  • OpenCV 2.4.8 : worked.
  • Decklink SDK 9.7.7 : worked.

Tutorial: Directory structure

NOTE: This project is ‘dormant’ and no longer updated. This page is posted for reference purpose. Contents here may not be valid under current environment.

You need other SDKs to build SCCToolKit. You need to tell cmake where you put these. So it would make your life easier if you put these in convenient places. Here is my preferences.

/src
  |-Blackmagic_SDK -> bmdsdks/Blackmagic DeckLink SDK 9.7
  |-OpenCV -> opencvs/opencv-2.4.5
  |-Qt
      |-build -> qt-everywhere-opensource-src-4.8.4/build
      |-qt-everywhere-opensource-src-4.8.4
  |-bmdsdks
      |-Blackmagic DeckLink SDK 9.7
  |-opencvs
      |-opencv-2.4.5
          |- ...
          |-build
          |- ...

The points are

  • Put everything at /src, which is very short in the full path.
  • Put versions of SDKs in /src/opencvs, /src/bmdsdks, /src/Qt
  • Put ‘build’ to be accessible by /src/OpenCV/build, /src/Qt/build
  • To tell cake where’s qmake, you set /src/Qt/build/bin/qmake
  • Make symbolic links to the designated version (shown as ‘->‘ in above tree).

It is just an example. You don’t need to do this way — find your preference and happy hacking!You need other SDKs to build SCCToolKit. You need to tell cmake where you put these. So it would make your life easier if you put these in convenient places. Here is my preferences.

/src
  |-Blackmagic_SDK -> bmdsdks/Blackmagic DeckLink SDK 9.7
  |-OpenCV -> opencvs/opencv-2.4.5
  |-Qt
      |-build -> qt-everywhere-opensource-src-4.8.4/build
      |-qt-everywhere-opensource-src-4.8.4
  |-bmdsdks
      |-Blackmagic DeckLink SDK 9.7
  |-opencvs
      |-opencv-2.4.5
          |- ...
          |-build
          |- ...

The points are

  • Put everything at /src, which is very short in the full path.
  • Put versions of SDKs in /src/opencvs, /src/bmdsdks, /src/Qt
  • Put ‘build’ to be accessible by /src/OpenCV/build, /src/Qt/build
  • To tell cake where’s qmake, you set /src/Qt/build/bin/qmake
  • Make symbolic links to the designated version (shown as ‘->‘ in above tree).

It is just an example. You don’t need to do this way — find your preference and happy hacking!

Tutorial: Building SCCToolKit

本プロジェクトは終了済みで，更新されていません．このページは当時の情報を保存する目的で公開しています．このため，このページに記載の内容・URL等の現時点での妥当性・有効性を保証するものではありません．ご注意ください．

ステップ0: 必要なファイルを集める

現在，SCCToolKitはMac OS X 10.7-10.10で動作を確認しています．これは，そのバージョン以降で使えるCoreImage，libdispatchライブラリとApple独自のC/C++言語仕様を用いているためです. SCCToolKitのソースファイルの他，次のファイルが必要です．

基本的にこれらを何処にインストールしても大丈夫です．お奨めはこの方法ですが，墨守する必要はありません．

ステップ1: SCCToolKitのダウンロード

SCCToolKitはGitHubからダウンロードできます.右下の方にある”zip”が便利です． これをダウンロードして，ハードディスク内のお好きなところに展開して下さい．デフォルトでSCCToolKitなどとなっている親フォルダ名を変えても構いません．しかし，その中のファイル名とフォルダ名は変えないでください．またファイルやフォルダの階層構造を変えないでください．

ステップ 2: SCCToolKitのビルド

コマンドライン版のccmakeを使うやり方を紹介します．GUI版のCmakeを使うこともできます．ccmakeの使い方はここでは説明しません．

  1. コマンドcdで前のステップで展開したSCCToolKitのディレクトリへ移動
  2. コマンドmkdir build ; cd build
  3. コマンドccmake ..　デバッグにXcodeを使いたい場合は，ccmake -GXcode ..
  4. ‘c’キーを一度押す．ccmakeがOpenCV, Qt, DeckLink SDKの場所を探します．見つからない場合はエラーが出ますので，教えて上げて下さい．
  5. ccmakeで’g’キーを押せるようになるまで，’c’キーを何度か押す必要があります．’g’を押すとccmakeが終了します．
  6. コマンドmakeを実行．ライブラリとサンプルプログラムがビルドされます．
  7. 首尾良くビルドできた場合，makeコマンドが 100% doneと表示して終わります．
  8. サンプルを動作させてみて下さい．

ステップ 3: SCCToolKit内のAppsをビルドしてみる

Appsフォルダ内のプログラムは，ライブラリとは別にビルドする必要があります．前のステップとほぼ同じです．

  1. コマンド cd Apps/lkdemo
  2. コマンド mkdir build ; cd build
  3. コマンド ccmake ..
  4. cを一回押す．ccmakeは，SCCToolKitConfig.cmakeファイルの場所を尋ねてきます．今の例では../../buildにあるので，教えてあげます．
  5. SCCToolKitConfig.cmakeを見つけた後，’c’キーを何度か押すと’g’キーを押せるようになります．押すと設定を完了します．
  6. コマンド make　首尾良くビルドできれば，Appがbuild/bin/に出来上がっています
  7. 動作させてみて下さい

プレスリリース；産総研，SCCToolKit無償公開を発表

[:en]

医療機器用のソフトウエア開発キット SCCToolKit を無償公開

– お試し版システムで、先端研究成果の迅速な臨床実用化を支援する –

平成25年9月19日
独立行政法人 産業技術総合研究所

■ ポイント ■

  • 内視鏡画像処理などに応用できる開発者向けソフトウエア開発キット
  • 小型パソコンで動作する、臨床で扱いやすいソフトウェア医療機器の開発が容易に
  • 医療ITの新技術やサービスを「お試し」して洗練、早期に実用化する医工連携を支援

■ 概　要 ■

独立行政法人 産業技術総合研究所【理事長 中鉢 良治】（以下「産総研」という）ヒューマンライフテクノロジー研究部門【研究部門長 赤松 幹之】鎮西 清行 副研究部門長は、内視鏡画像処理などを行う医療機器用のソフトウエアを開発するための、SDK（開発者向けソフトウエア開発キット）SCCToolKit（Small Computings for Clinicals ToolKit、エスシーシーツールキット）を無償公開する。SCCToolKitに関するウェブサイトでの情報提供を９月１９日から開始し、併せてソフトウエアを中心に構成される医療機器の開発を支援する活動を展開する。

この開発キットは、独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)の「がん超早期診断・治療機器の総合研究開発/超低侵襲治療機器システムの研究開発/内視鏡下手術支援システムの研究開発」プロジェクト(平成 19~23 年度)などで開発したシステムを、産総研が「小型安価なパソコンで動作する」「簡単・単機能」に機能を限定し、医療機器のソフトウエア開発用に再編したものである。平成25年5月に閣議決定された薬事法改正案で、医療機器の機能を持つソフトウエア単体（以下「ソフトウエア医療機器」という）の製造販売を認める方向となったことを受け、開発キットとして無償公開する。

今回の開発キットを企業などがソフトウエア開発に導入すれば、臨床スタッフが試用しやすいシステムとなり、機能の洗練や実用化につながるものと期待される。なお、この開発キットの詳細は、平成25年9月22～26日に愛知県名古屋市で開催される国際会議MICCAI 2013（第16回コンピュータ医用画像処理ならびにコンピュータ支援治療に関する国際会議）で発表される。

続きはこちら[:ja]

医療機器用のソフトウエア開発キット SCCToolKit を無償公開

– お試し版システムで、先端研究成果の迅速な臨床実用化を支援する –

平成25年9月19日
独立行政法人 産業技術総合研究所

■ ポイント ■

  • 内視鏡画像処理などに応用できる開発者向けソフトウエア開発キット
  • 小型パソコンで動作する、臨床で扱いやすいソフトウェア医療機器の開発が容易に
  • 医療ITの新技術やサービスを「お試し」して洗練、早期に実用化する医工連携を支援

■ 概　要 ■

独立行政法人 産業技術総合研究所【理事長 中鉢 良治】（以下「産総研」という）ヒューマンライフテクノロジー研究部門【研究部門長 赤松 幹之】鎮西 清行 副研究部門長は、内視鏡画像処理などを行う医療機器用のソフトウエアを開発するための、SDK（開発者向けソフトウエア開発キット）SCCToolKit（Small Computings for Clinicals ToolKit、エスシーシーツールキット）を無償公開する。SCCToolKitに関するウェブサイトでの情報提供を９月１９日から開始し、併せてソフトウエアを中心に構成される医療機器の開発を支援する活動を展開する。

この開発キットは、独立行政法人 新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)の「がん超早期診断・治療機器の総合研究開発/超低侵襲治療機器システムの研究開発/内視鏡下手術支援システムの研究開発」プロジェクト(平成 19~23 年度)などで開発したシステムを、産総研が「小型安価なパソコンで動作する」「簡単・単機能」に機能を限定し、医療機器のソフトウエア開発用に再編したものである。平成25年5月に閣議決定された薬事法改正案で、医療機器の機能を持つソフトウエア単体（以下「ソフトウエア医療機器」という）の製造販売を認める方向となったことを受け、開発キットとして無償公開する。

今回の開発キットを企業などがソフトウエア開発に導入すれば、臨床スタッフが試用しやすいシステムとなり、機能の洗練や実用化につながるものと期待される。なお、この開発キットの詳細は、平成25年9月22～26日に愛知県名古屋市で開催される国際会議MICCAI 2013（第16回コンピュータ医用画像処理ならびにコンピュータ支援治療に関する国際会議）で発表される。

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