Clock Gene in Animal 更新: 2009.3.23 サイトマップ

DNA・アミノ酸配列用ツール集

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DNA・アミノ酸配列を解析するためのツール集です。全てのソフト、ツールは無料です。
  1. 目的遺伝子の塩基配列情報をNCBIから取得する方法
  2. 塩基配列を自分のパソコン上で扱う為のフリーソフト
  3. 転写因子結合サイトを見つけるツール
  4. 目的遺伝子の発現リズムを検索する為のデータベース
  5. 2つのDNA(またはアミノ酸)配列同士をアライメントするツール
  6. タンパク質の機能ドメイン・モチーフ検索ツール

1. 目的遺伝子の塩基配列情報をNCBIから取得する方法

目的遺伝子のNCBI Geneのページを開いて下さい。 例: マウス Clock.


mRNA
RefSeq のmRNAを開いて下さい。 例: マウス Clock: NM_007715.5
 なお、NM, NP, NC, NT は それぞれRefSeqの mRNA, protein, chromosome, genomic contigを示します。
アクセッション番号の最後のドットの後ろの数字はバージョン番号なので割愛できます。
スプライシングバリアントがある場合、典型的な型が最も上位に表示されています。


塩基配列を "Send to File"にて保存して下さい。 ApEで開く場合GenBank形式が良いでしょう。
ゲノムDNA
NCBIから目的遺伝子のゲノム情報を得る2つの方法を紹介します。
方法 1: graphic map から
簡単にゲノム配列を開けるが、上流・下流に広げるのは面倒です。
遺伝子模式図のNC_000071.05をクリックし、適当な形式をクリックします。
染色体塩基配列の一部、遺伝子に該当する部分が表示されます。
NC_000071
赤い数字は表示された範囲を示し、"Reverse complemented strand"のチェックは、遺伝子が染色体に対し逆向きであるので、逆転表示していることを示します。
表示を上流に広げる場合、 "Range from 76,641,202 to 76,733,573"の数字を適当に変更します。
二キロ上流に広げる場合は右の数字をこのように変えます: 76,735,573 + 2000 = 76,735,573.
*ただし、遺伝子が染色体に順方向の場合は左の数値を変えてください: 76,641,202 - 2000 = 76,639,202.
右端の "Refresh" をクリックして変更を反映させます。
mRNAと同様に"Send to File"で塩基配列を保存します。
方法2: Map Viewerから
範囲を広げるのが容易ですが、開くまでが面倒です。
右側のリンク集から Map Viewer を開きます。
遺伝子の右にある "dl" をクリックします。

なお、遺伝子の右の黒い↑は、遺伝子が染色体に対して逆方向であることを示しています。
Map viewer
目的に合わせて、方向(Strand)、範囲、Formatを変更します。

上の利では、形式をGenBankに変更し上流下流ともに 2kb 広げています。"Change Region/Strand" を押して変更を反映します(形式が初期値に戻ることがあるので注意)"Save to Disk"で保存します。


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2. 塩基配列を自分のパソコン上で扱う為のフリーソフト

ApE 塩基配列の操作には ApE が便利です。GenBank形式が適していますが、ABIシークエンサーをはじめ、多くのDNAファイル形式に対応しています。
ApEはWin, MacOSX, Linux/Unixに対応しています。
Sequence Analysis Sequence Analysis もマルチプラットフォームなフリーウェアです。DNAとタンパク質の配列を扱えます。

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3. 転写因子結合サイトを見つけるツール

以下のツールが有用です。
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4. 目的遺伝子の発現リズムを検索する為のデータベース

以下のツールが有用です。
Example, Novartis Example, NCBI GEO Example, DBSB
Mouse Per2
Mouse Per2 (SCN)
Mouse Per2
Mouse Per2 (Adrenal gland)Oster2006
Mouse Ppara
Mouse Ppara (Liver)
クリックで画像が拡大します

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5. 2つのDNA(またはアミノ酸)配列同士をアライメントするツール

以下のツールが有用です。 2つのDNA配列のアライメントには ApEも有用です。
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6. タンパク質の機能ドメイン・モチーフ検索ツール

以下のツールが有用です。
CDART - mCLOCK
SMART - mCLOCK
InterProScan

ドメイン構造や機能は、UniProt で詳しく提供されています。ただし、既知タンパクに限ります: 例) mosue ClockO08785
UniProt


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