印刷用表示 |テキストサイズ 小 |中 |大 |


国立研究開発法人 産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 合成生物工学研究グループ
東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 生命機能分子工学分野 宮崎研究室

HOME > 成果発表

研究成果

原著論文

  1. Miyazaki K, Wiseschart A, Pootanakit K, Kitahara K (2020) Complete genome sequence of Vibrio rotiferianus strain AM7. Microbiol Resour Announc 9(21):e01591-19
  2. Miyazaki K, Hase E, Tokito N (2020) Complete genome sequence of Geobacillus sp. strain E55-1, isolated from Mine Geyser in Japan. Microbiol Resour Announc 9(20):e00339-20
  3. Miyazaki K, Hase E, Maruya T (2020) Complete genome sequence of Pseudomonas otitidis strain MrB4, isolated from Lake Biwa in Japan. Microbiol Resour Announc 9(16):e00148-20
  4. Miyazaki K, Hase E, Maruya T (2020) Complete genome sequence of Bacillus cereus strain PL1, isolated from soil in Japan. Microbiol Resour Announc 9(12):e00195-20
  5. Tomariguchi N, Miyazaki K (2020) Complete genome sequences of Rhodothermus marinus strains AA2-13 and AA3-38, isolated from Arima Onsen hot spring in Japan. Microbiol Resour Announc 9(2):e.01475-19
  6. Miyazaki K, Izumi K (2019) Complete genome sequence of Alteromonas sp. strain I4, isolated from the Japan sea. Microbiol Resour Announc 8(47):e01277-19
  7. Yu H, Taniguchi M, Uesaka K., Wiseschart A, Pootanakit K, Nishitani Y, Murakami Y, Ishimori K, Miyazaki K, Kitahara K (2019) Complete genome sequence of Staphylococcus arlettae strain P2, isolated from a laboratory environment. Microbiol Resour Announc 8(45):e00696-19
  8. Miyazaki K (2019) Complete genome sequencing of Thermus thermophilus strain HC11, isolated from Mine geyser in Japan. Microbiol Resour Announc 8(39):e00873-19
  9. Zhang Y, Minagawa Y, Kizoe H, Miyazaki K, Iino R, Ueno H, Tabata KV, Shimane Y, Noji H (2019) Accurate high-throughput screening based on digital protein synthesis in a massively parallel femtoliter droplet array. Sci Adv 5(8):eaav8185
  10. Miyazaki K, Tomariguchi N (2019) Occurrence of randomly recombined functional 16S rRNA genes in Thermus thermophilus suggests genetic interoperability and promiscuity of bacterial 16S rRNAs. Sci Rep 9:11233
    Access the recommendation on F1000Prime
  11. Tomariguchi N, Miyazaki K (2019) Complete genome sequence of Rubrobacter xylanophilus strain AA3-2, isolated from Arima Onsen in Japan. Microbiol Resour Announc 8(34):e00818-19
  12. Miyazaki K, Tomariguchi N (2019) Complete genome sequences of Thermus thermophilus strains AA2-20 and AA2-29, isolated from Arima Onsen in Japan. Microbiol Resour Announc 8(31):e00820-19
  13. Miyazaki K (2018) Molecular engineering of the salicylate-inducible transcription factor Sal7AR for orthogonal and high gene expression in Escherichia coli. PLOS ONE 13(4):e0194090
  14. Miyazaki K, Kitahara K (2018) Functional metagenomic approach to identify overlooked antibiotic resistance mutations in bacterial rRNA. Sci Rep 8: 5179 プレス報道
    Access the recommendation on F1000Prime
  15. Sato M, Miyazaki K (2017) Phylogenetic network analysis revealed the occurrence of horizontal gene transfer of 16S rRNA in the genus Enterobacter. Front Microbiol 8:2225
  16. Tsukuda M, Kitahara K, Miyazaki K (2017) Comparative RNA function analysis reveals high functional similarity between distantly related bacterial 16 S rRNAs. Sci Rep 7: 9993 プレス報道
  17. Miyazaki K, Sato M, Tsukuda M (2017) PCR primer design for 16S rRNAs for experimental horizontal gene transfer test in Escherichia coli. Front Bioeng Biotechnol 5:14.
  18. Roulling F, Godin A, Cipolla A, Collins T, Miyazaki K, Feller G (2016) Activity-stability relationships revisited in blue oxidases catalyzing electron transfer at extreme temperatures. Extremophiles 20(5):621-629
  19. Wherland S, Miyazaki K, Pecht I (2016) Intramolecular electron transfer in the bacterial two-domain multicopper oxidase mgLAC. Biochemistry 55(21):2960-2966
  20. Matsuzawa T, Jo T, Uchiyama T, Manninen JA, Arakawa T, Miyazaki K, Fushinobu S, Yaoi K (2016) Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity, and transglycosylation activity of metagenomic β‐glucosidase Td2F2. FEBS J 283(12):2340-53
  21. Uchiyama T, Yaoi K and Miyazaki K (2015) Glucose-tolerant β-glucosidase retrieved from a Kusaya gravy metagenome. Front Microbiol 6:548
  22. Tsukuda M, Nakashima N, Miyazaki K (2015) Counterselection method based on conditional silencing of antitoxin genes in Escherichia coli. J Biosci Bioeng 120(5):591-595
  23. Miyazaki K (2015) Molecular engineering of a PheS counterselection marker for improved operating efficiency in Escherichia coli. Biotechniques 58(2):86-88
  24. Suenaga H, Mizuta S, Miyazaki K, Yaoi K (2014) Diversity of extradiol dioxygenases in aromatic-degrading microbial community explored using both culture-dependent and culture-independent approaches. FEMS Microbiol Ecol 90(2):367-379
  25. Komori H, Sugiyama R, Kataoka K, Miyazaki K, Higuchi Y, Sakurai T (2014) New insights into the catalytic active site structure of multi copper oxidase. Acta Crystallogr Sect D 70(3):772-779
  26. Tsujimura S, Asahi M, Goda-Tsutsumi M, Shirai O, Kano K, Miyazaki K (2013) Direct electron transfer of a metagenome-derived laccase fused to affinity tags near the electroactive copper site. Phys Chem Chem Phys 15(47):20585-20589
  27. Uchiyama T, Miyazaki K (2013) Metagenomic screening for aromatic compound-responsive transcriptional regulators. PLOS ONE 8(9):e75795
  28. Uchiyama T, Miyazaki K, Yaoi K (2013) Characterization of a novel β-glucosidase from a compost microbial metagenome with strong transglycosylation activity. J Biol Chem 288(25):18325-18334
  29. Tsukuda M, Miyazaki K (2013) DNA fragmentation caused by an overdose of Zeocin. J Biosci Bioeng 116(5):644-646
  30. Tsukuda M, Miyazaki K (2013) Directed evolution study unveiling key sequence factors that affect translation efficiency in Escherichia coli. J Biosci Bioeng 116(5):540-545
  31. Verma D, Kawarabayasi Y, Miyazaki K, Satyanarayana T (2013) Cloning, expression and characteristics of a novel alkalistable and thermostable xylanase encoding gene (mxyl) retrieved from compost-soil metagenome. PLoS One 8(1):e52459
  32. Kitahara K, Yasutake Y, Miyazaki K (2012) Mutational robustness of 16S ribosomal RNA, shown by experimental horizontal gene transfer in Escherichia coli. Proc Natl Acad Sci USA 109(47):19220-19225
  33. Yaoi K, Miyazaki K (2012) Cloning and expression of isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase from Actinomycetes species, Oerskovia sp. Y1. J Appl Glycosci 59(2):83-88
  34. Im DH, Kimura KI, Hayasaka F, Tanaka T, Noguchi M, Kobayashi A, Shoda SI, Miyazaki K, Wakagi T, Fushinobu S (2012) Crystal structures of glycoside hydrolase family 51 α-L-arabinofuranosidase from Thermotoga maritima. Biosci Biotechnol Biochem 76(2):423-428
  35. Kitahara K, Miyazaki K (2011) Specific inhibition of bacterial RNase T2 by helix 41 of 16S ribosomal RNA. Nat Commun 2:549 Nature Asia
  36. Uchiyama T, Miyazaki K (2010) Product-induced gene expression, a product-responsive reporter assay used to screen metagenomic libraries for enzyme-encoding genes. Appl Environ Microbiol 76(21):7029-7035
  37. Miyazaki K (2010) Lethal ccdB gene-based zero-background vector for construction of shotgun libraries. J Biosci Bioeng 110(3):372-373
  38. Kabumoto H, Miyazaki K, Arisawa A (2009) Directed evolution of the actinomycete cytochrome P450 MoxA (CYP105) for enhanced activity. Biosci Biotech Biochem 73(9):1922-1927
  39. Yaoi K, Kondo H, Hiyoshi A, Noro N, Sugimoto H, Tsuda S, Miyazaki K (2009) The crystal structure of a xyloglucan-specific endo-β-1,4-glucanase from Geotrichum sp. M128 xyloglucanase reveals a key amino acid residue for substrate specificity. FEBS J 276(18):5094-5100
  40. Suenaga H, Koyama Y, Miyakoshi M, Miyazaki R, Yano H, Sota M, Ohtsubo Y, Tsuda, M, Miyazaki K (2009) Novel organization of aromatic degradation pathway genes in a microbial community as revealed by metagenomic analysis. ISME J 3(12):1335-1348
  41. Suenaga H, Mizuta S, Miyazaki K (2009) The molecular basis for adaptive evolution in novel extradiol dioxygenases retrieved from the metagenome. FEMS Microbiol Ecol 69(3):472-480
  42. Komori H, Miyazaki K, Higuchi Y (2009) X-ray structure of a two-domain laccase: A missing link in the evolution of multi-copper proteins. FEBS Lett 583(7):1189-1195
  43. Komori H, Miyazaki K, Higuchi Y (2009) Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a putative two-domain type laccase from a metagenome. Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 65(3):264-266
  44. Mori T, Mizuta S, Suenaga H, Miyazaki K (2008) Metagenomic screening for bleomycin resistance genes. Appl Environ Microbiol 74(21):6803-6805
  45. Mori T, Suenaga H, Miyazaki K (2008) Metagenomic approach to the identification of UDP-glucose 4-epirase as a menadione resistance protein. Biosci Biotech Biochem 72(6):1611-1614
  46. Ishii N, Umemura K, Miyazaki K (2008) Supramolecular complex formation and crystallization of isocitrate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8: preliminary studies with x-ray crystallography and atomic force microscopy. Biosci Biotech Biochem 72(9):2369-2376
  47. Suenaga H, Ohnuki T, Miyazaki K (2007) Functional screening of a metagenomic library for genes involved in microbial degradation of aromatic compounds. Environ Microbiol 9(9):2289-2297
  48. Yaoi K, Kondo H, Hiyoshi A, Noro N, Sugimoto H, Tsuda S, Mitsuishi Y, Miyazaki K (2007) Structure basis for the exo-mode of action in GH74 oligoxyloglucan reducing end-specific cellobiohydrolase. J Mol Biol 370(1):53-62
  49. Mochizuki K, Miyazaki K (2007) Microbial resolution of D,L-homoserine for the production of D-homoserine using a novel isolate, Arthrobacter nicotinovorans strain 2-3. Enzyme Microbial Technol 41(3):318-321
  50. Yamamoto T, Miyazaki K, Eguchi T (2007) Substrate specificity analysis and inhibitor design of homoisocitrate dehydrogenase. Bioorg Med Chem 15(3):1346-1355
  51. Miyazaki K, Takenouchi M, Kondo H, Noro N, Suzuki M, Tsuda S (2006) Thermal stabilization of Bacillus subtilis family-11 xylanase by directed evolution. J Biol Chem 281(15):10236-10242
  52. Miyazaki K (2005) Identification of a novel trifunctional homoisocitrate dehydrogenase and modulation of the broad substrate specificity through site-directed mutagenesis. Biochem Biophys Res Commun 336(2):596-602
  53. Miyazaki K (2005) A hyperthermophilic laccase from Thermus thermophilus HB27. Extremophiles 9(6):415-425
  54. Miyazaki K (2005) Hyperthermophilic alpha-L-arabinofuranosidase from Thermotoga maritima MSB8: molecular cloning, gene expression, and characterization of the recombinant protein. Extremophiles 9(5):399-406
  55. Miyazaki K (2005) Bifunctional isocitrate-homoisocitrate dehydrogenase: a missing link in the evolution of beta-decarboxylating dehydrogenase. Biochem Biophys Res Commun 331(1):341-346
  56. Miyazaki K (2002) Random DNA fragmentation with endonuclease V: application to DNA shuffling. Nucleic Acids Res 30(24):e139
  57. Miyazaki K, Takenouchi M (2002) Creating random mutagenesis libraries using megaprimer PCR of whole plasmid. Biotechniques 33(5):1033-1034, 1036-1038
  58. Wintrode PL, Miyazaki K, Arnold FH (2001) Patterns of adaptation in a laboratory evolved thermophilic enzyme. Biochem Biophys Acta 1549(1):1-8
  59. Wintrode PL, Miyazaki K, Arnold FH (2000) Cold adaptation of a mesophilic subtilisin -like protease by directed evolution. J Biol Chem 275(41):31635-31640
  60. Miyazaki K, Wintrode PL, Grayling RA, Rubingh DN, Arnold FH (2000) Directed evolution study of temperature adaptation in a psychrophilic enzyme. J Mol Biol 297(4):1015-1026
  61. Miyazaki K, Arnold FH (1999) Exploring nonnatural evolutionary pathways by saturation mutagenesis: rapid improvement of protein function. J Mol Evol 49(6):716-720
  62. Yaoi T, Miyazaki K, Oshima T (1997) Substrate recognition of isocitrate dehydrogenase and 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8. J Biochem 121(1):77-81
  63. Miyazaki K (1996) Isocitrate dehydrogenase from Thermus aquaticus YT1: purification of the enzyme and cloning, sequencing, and expression of the gene. Appl Environ Microbiol 62(12):4627-4631
  64. Yaoi T, Miyazaki K, Oshima T, Komukai Y, Go M (1996) Conversion of the coenzyme specificity of isocitrate dehydrogenase by module replacement. J Biochem 119(5):1014-1018
  65. Sakurai M,Ohzeki M, Miyazaki K, Moriyama H, Sato M, Tanaka N, Oshima T (1996) Structure of a loop-deleted variant of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus: an internal reprieve tolerance mechanism. Acta Crystallogr D Biol Crystallogr 52(1):124-128
  66. Yaoi T, Miyazaki K, Oshima T (1995) His273 of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8 is involved in the coenzyme binding. Biochem Biophys Res Commun 210(3):733-737
  67. Yaoi T, Miyazaki K, Oshima T (1994) Roles of Arg231 and Tyr284 of Thermus thermophilus isocitrate dehydrogenase in the coenzyme specificity. FEBS Lett 355(2):171-172
  68. Miyazaki K, Yaoi T, Oshima T (1994) Expression, purification, and substrate specificity of isocitrate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8. Eur J Biochem 221(3):899-903
  69. Terasawa H, Miyazaki K, Eguchi T, Oshima T, Kakinuma K (1994) Synthesis of 2-O-methyl ether and 1-carboxamide derivatives of (2R, 3S)-3-isopropylmalic acid and their interaction with thermophilic 3-isopropymalate dehydrogenase. Biosci Biotech Biochem 58, 870-873
  70. Miyazaki K, Oshima T (1994) Co-enzyme specificity of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8. Protein Eng 7(3):401-403
  71. Miyazaki K, Kadono S, Sakurai M, Moriyama H, Tanaka N, Oshima T (1994) Chemical modification and site-directed mutagenesis of Tyr36 of 3-isopropylmalate dehydrogenase from Thermus thermophilus HB8. Protein Eng 7(1):99-102
  72. Kakinuma K, Terasawa H, Li H-Y, Miyazaki K, Oshima T (1994) Enantioselective synthesis of (2R, 3S)-3-alkylmalic acids, competent substrates for 3-isopropylmalate dehydrogenase. Biosci Biotech Biochem 57(11):1916-1923
  73. Miyazaki K, Oshima T (1993) Tyr-139 in Thermus thermophilus 3-isopropylmalate dehydrogenase is involved in catalytic function. FEBS Lett 332(1-2):37-38
  74. Miyazaki K, Kakinuma K, Terasawa H, Oshima T (1993) Kinetic analysis on the substrate specificity of 3-isopropylmalate dehydrogenase. FEBS Lett 332(1-2):35-36
  75. Miyazaki K.,Eguchi H, Yamagishi A, Wakagi T, Oshima T (1992) Molecular cloning of the isocitrate dehydrogenase gene of an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8. Appl Environ Microbiol 58(1):93-98
  76. Yamada T, Akutsu N, Miyazaki K, Kakinuma K, Yoshida M, Oshima T (1990) Purification, catalytic properties, and thermal stability of threo-Ds-3-isopropylmalate dehydrogenase coded by leuB gene from an extreme thermophile, Thermus thermophilus strain HB8. J Biochem 108(3):449-456

英文総説

  1. Kitahara K, Miyazaki K (2018) Constructing mutant ribosomes containing mutant ribosomal RNAs. DOI: 10.1007/978-981-10-8372-3_2. in Applied RNA Bioscience (Masuda S, Izawa S eds., Springer)
  2. Nakashima N, Miyazaki K (2014) Bacterial cellular engineering by genome editing and gene silencing. Int J Mol Sci 15(2):2773-93
  3. Miyazaki K (2014) Diversity and evolution of aromatic degradation pathway enzymes in an activated sludge. Biodegradative bacteria-How bacteria degrade, survive, adapt, and evolve (Nojiri, H.; Tsuda, M.; Fukuda, M.; Kamagata, Y. Eds.), Chapter 12 (pp 249-264) (Springer Japan), 10.1007/978-4-431-54520-0_12
  4. Miyazaki K, Suenaga H (2013) Extradiol dioxygenases retrieved from the metagenome. in Nelson K. (Ed.) Encyclopedia of Metagenomics SpringerReference (www.springerreference.com). Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2013. DOI: 10.1007/SpringerReference_364978 2014-01-07 17:15:16 UTC
  5. Engel K, Ashby D, Brady SF, Cowan DA, Doemer J, Edwards EA, Fiebig K, Martens EC, McCormac D, Mead DA, Miyazaki K, Moreno-Hagelsieb G, O'Gara F, Reid A, Rose DR, Simonet P, Sjöling S, Smalla K, Streit WR, Tedman-Jones J, Valla S, Wellington EMH, Wu C-C, Liles MR, Neufeld JD, Sessitsch A, Charles TC (2013) Meeting Report: 1st International Functional Metagenomics Workshop May 7–8, 2012, St. Jacobs, Ontario, Canada. Standards in Genomic Sciences 8(1):106-111
  6. Kitahara K, Miyazaki K (2013) Revisiting bacterial phylogeny: Natural and experimental evidence for horizontal gene transfer of 16S rRNA. Mob Genet Elements 3(1):e24210
  7. Hosokawa-Okamoto R, Miyazaki K (2011) Escherichia coli host engineering for efficient metagenomic enzyme discovery. in "Metagenomics: Current Innovations and Future Trends" (ed. Diana Marco, pp. 241-252, Horizon Scientific Press)
  8. Miyazaki K (2011) MEGAWHOP Cloning: A method of creating random mutagenesis libraries via megaprimer PCR of whole plasmids in "Synthetic Biology: Methods for Building and Programming Life" Part B Volume 498:399-406. (Methods in Enzymology Series, ed. Chris Voigt, Elsevier)
  9. Miyazaki K (2011) Novel aromatic degradation pathway genes and their organization as revealed by metagenomic analysis. in "Handbook of Molecular Microbial Ecology II: Metagenomics in Different Habitats" (ed. Frans J. de Bruijn, pp. 439-450, Wiley-Blackwell)
  10. Suenaga H, Miyazaki K (2011) Exploration of a microbial community for novel genetic resources using activity-based screening of a metagenomic library. in "Metagenomics and its applications in agriculture, biomedicine and environmental studies" (ed. Li RW, Nova Science Publishers, NY)
  11. Uchiyama T, Miyazaki K (2010) Substrate-Induced Gene Expression (SIGEX) screening: a method for high-throughput screening of metagenome libraries Methods Mol Microbiol 668:153-168 Metagenomics - Methods and protocols - (eds. Streit WR and Daniel R, Springer)
  12. Suenaga H, Kanagawa T, Miyazaki K (2009) A culture-independent novel approach to the monitoring of the activity and stability of activated sludge in wastewater treatment. in "Sludge: Types, treatment processes and disposal" (ed Baily RE pp. 229-243, Nova Science Publishers, NY)
  13. Uchiyama T, Miyazaki K (2009) Functional metagenomics for enzyme discovery: challenges to efficient screening. Curr Opin Biotechnol 20(6):616-622
  14. Miyazaki K, Arnold FH (2004) In vitro DNA recombination. in "Phage Display: A Practical Approach" (eds Clackson T & Lowman H, pp.43-60, Oxford University Press Inc, NY)
  15. Miyazaki K (2003) Creating random mutagenesis libraries by megaprimer PCR of whole plasmid (MEGAWHOP). Methods Mol Biol 231:23-28. Directed Evolution Library Creation (eds Arnold FH & Georgiou G, Humana Press)
  16. Arnold FH, Wintrode PL, Miyazaki K, Gershenson A (2001) How enzymes adapt: lessons from directed evolution. Trends Biochem Sci 26(2):100-106
  17. Arnold FH, Giver L, Gershenson A, Zhao H, Miyazaki K (1999) Directed evolution of mesophilic enzymes into their thermophilic counterparts. Ann N Y Acad Sci 870:400-403. Molecular strategies in biological evolution (ed Caporale LH, The New York Academy of Sciences)

和文総説

  1. 宮崎健太郎(2019)「進化分子工学 〜進化によるものづくり〜」(2018年ノーベル化学賞解説論文)じっきょう理科資料 85:1-5 (実教出版)ダウンロード
  2. 宮崎健太郎(2019)「進化分子工学〜分子設計ツールとしての進化〜」(2018年ノーベル化学賞解説論文)科学 89(2):142-147 2月号(岩波書店)ダウンロード(岩波書店許諾済み)
  3. 宮崎健太郎(2018)「進化分子工学:進化によるものづくり」(2018年ノーベル化学賞解説論文)現代化学12月号 573:21-25 (東京化学同人)ダウンロード (自家版)
  4. 佃美雪、宮崎健太郎(2015)「16S リボソーマルRNAの水平伝播実験から見えてくるリボソームの可塑性」生化学 87(4):475-477(みにれびゅう)LinkIcon
  5. 宮崎健太郎(2014)「Ribosomal RNAの人工水平伝播による大腸菌宿主デザイン」生物工学会誌 92(11):607-611LinkIcon
  6. 宮崎健太郎(2014)「リボソーム改変による大腸菌宿主デザイン」環境バイオテクノロジー学会誌 14(1):3-8LinkIcon
  7. 宮崎健太郎、佃美雪、佐藤允治(2014)「16S rRNA遺伝子の「水平伝播」―異種16S rRNAによる遺伝的相補―」化学と生物 52(2):70-72LinkIcon
  8. 宮崎健太郎(2013)「生物種を超えた16S rRNA遺伝子の機能相補性の解明」進化分子工学 ~高速分子進化によるタンパク質・核酸の開発~(エヌ・ティー・エス)
  9. 宮崎健太郎(2012)「第一章 進化分子工学の事始」生命システム工学 進化分子工学から進化生命工学へ(化学同人)
  10. 宮崎健太郎(2012)「第二章 遺伝子資源の多様化」生命システム工学 進化分子工学から進化生命工学へ(化学同人)
  11. 宮崎健太郎(2012)「リボソームに翻訳以外の機能がある ―リボヌクレアーゼ作用阻害」生体の科学 63(5):356-357(医学書院)
  12. 宮崎健太郎(2012)「リボソームに翻訳以外の機能を発見:16S rRNA ヘリックス41によるリボヌクレアーゼT2の阻害」 産総研TODAY 12, 20 LinkIcon
  13. 宮崎健太郎(2011)「メタゲノムからの有用酵素の探索」(特集:新規有用酵素を探索せよ)バイオインダストリー 28(9):32-38(シーエムシー出版)
  14. 宮崎健太郎(2010)「進化分子工学による酵素の高機能化」酵素利用技術体系〜基礎・解析から改変・高機能化・産業利用まで〜(NTS)
  15. 末永光、宮崎健太郎(2010)「芳香族化合物分解酵素」酵素利用技術体系〜基礎・解析から改変・高機能化・産業利用まで〜(NTS)
  16. 末永光、宮崎健太郎(2010)「メタゲノム解析により明らかにされた環境中の芳香族化合物分解遺伝子の姿」化学と生物 48(2):100-106 LinkIcon
  17. 伊藤公夫、末永光、宮崎健太郎、中村和憲(2009)「メタゲノム解析を活用した安水含有フェノール分解関連酵素の解明」用水と廃水 51(9):761-766
  18. 宮崎健太郎(2009)「新規酵素取得のためのメタゲノム利用技術開発」マリンメタゲノムの有効利用(シーエムシー出版)pp. 55-66
  19. 宮崎健太郎(2008)「メタゲノムを利用した新規酵素の探索」酵素工学ニュース 60:14-18
  20. 末永光、宮崎健太郎(2008)「酵素スクリーニングの新技術 ーメタゲノム解析の意義と課題ー」生化学 80(7):666-669(みにれびゅう)LinkIcon
  21. 内山拓、宮崎健太郎(2008)「メタゲノムを利用した新規酵素のスクリーニング」バイオサイエンスとインダストリー 66:234-239
  22. 宮崎健太郎(2008)「進化工学的手法による酵素の改変」(特集:化学品量産プロセスを志向する酵素研究)バイオインダストリー 25(7):52-58(シーエムシー出版)
  23. 宮崎健太郎(2008)「微生物の不斉分解を利用したDL-ホモセリンからのD-ホモセリンの製造」微生物によるものづくりー化学法に代わるホワイトバイオテクノロジーの全てー(シーエムシー出版)
  24. 宮崎健太郎(2007)「エラープローンPCR」 ナノバイオ大事典(テクノシステム)
  25. 望月一哉、宮崎健太郎(2007)「微生物を利用したDL-ホモセリンからのD-ホモセリンの光学分割」バイオインダストリー 24(8): 44-50(シーエムシー出版)
  26. 宮崎健太郎(2006)「進化工学的手法による酵素の改変」酵素開発・利用の最新技術(シーエムシー出版)
  27. 宮崎健太郎(2005)「耐熱性ラッカーゼの発見」AIST Today 5(4):18-19 LinkIcon
  28. 宮崎健太郎(2004)「DNAシャフリングを改良し、操作性向上」日経先端技術 53:5-6
  29. 宮崎健太郎(2004)「DNAシャッフリングを使いこなす」バイオサイエンスとインダストリー 62:27-30
  30. 宮崎健太郎(2003)「進化実験系」コンビナトリアル・バイオエンジニアリング(化学同人)
  31. 宮崎健太郎(2000)「実験室内進化によるタンパク質の機能改変」生化学 72(12):1430-1433(みにれびゅう)
  32. 山岸明彦、宮崎健太郎、大島泰郎(1994)「変異蛋白質の作製法」蛋白質核酸酵素 39(7):1358-1365(蛋白質の時代 構造・物性・機能研究の新局面、共立出版)
  33. 宮崎健太郎、大島泰郎(1993)「酵素の基質特異性のタンパク質工学」和光純薬時報 61:5-8

招待・依頼講演

  1. 宮崎健太郎(2019)「16S rRNAは遺伝子組み換えにより進化するーリボソーム進化のRandom Patch Modelの提唱ー」第42回 日本分子生物学会年会
  2. 宮崎健太郎(2019)「多様性工学 〜芳香族化合物センサー分子の探索と進化を利用した高機能化〜」日本分析化学会第68年会
  3. 宮崎健太郎(2019)"Directed evolution: irrational approach to molecular engineering" 日本育種学会 第61回シンポジウム
  4. 宮崎健太郎(2018)「ノーベル化学賞2018『進化分子工学』~進化によるものづくり~」第8回CSJ化学フェスタ
  5. Miyazaki K (2018) "Bacterial cellular engineering by ribosome engineering" Biosystems Design 4.0 (Singapore)
  6. 宮崎健太郎(2017)「Comparative RNA function analysis reveals primarily neutral evolvability of bacterial 16S rRNA genes」第55回 日本生物物理学会年会
  7. 宮崎健太郎(2017)「バクテリア16S rRNA遺伝子の進化」環境微生物系学会合同大会2017
  8. Miyazaki K (2017) "Translating uncultured microbial resources to bioindustrial application" AGBIO2017, Bangkok (Thailand)
  9. 宮崎健太郎(2016)「学生の頃、何を考え、今は何をやっているか・・・生命の起源と私」生命の起源および進化学会 夏の学校
  10. 宮崎健太郎(2016)「リニア機動分子リボソームの進化工学」日本化学会 第96春季年会
  11. 宮崎健太郎(2015)「大腸菌リボソームの変異耐性」第17回 日本進化学会年会
  12. 宮崎健太郎(2015)「リボソーム改変によるバクテリア細胞工学」第17回 日本進化学会年会
  13. 宮崎健太郎(2015)「大腸菌リボソームの変異耐性」第17回 日本RNA学会年会
  14. 宮崎健太郎(2015)「メタゲノムを活用した酵素スクリーニング」第15回 日本蛋白質科学会年会
  15. Miyazaki K (2015) "Functional metagenomic for enzyme discovery” 9th AIST-TISTR-NSTDA workshop
  16. 宮崎健太郎(2015)「リボソーム改変によるバクテリア細胞工学」第10回理研「バイオものづくり」シンポジウム
  17. Miyazaki K (2015) "Metagenomic screening for 16S rRNA-based antibiotic resistance genes" 1st international Caparica Conference in Antibiotic Resistance, Portugal
  18. 宮崎健太郎(2014)"Diversifying cellular phenotype through ribosome engineering" 細胞を創る研究会7.0
  19. 宮崎健太郎(2014)「多様性の利用と創出に基づく有用酵素の開発 ~メタゲノミクスと進化工学~」フロンティア化学教育研究センター講演会
  20. 宮崎健太郎(2014)「リボソーマルRNAの人工水平伝播による大腸菌宿主デザイン」日本農芸化学会 2014年度大会
  21. Miyazaki K (2014) "Escherichia coli host engineering for efficient enzyme discovery" 1st international conference on “ASEAN Microbial Biotechnology Conference” (AMBC2014), Thailand
  22. 宮崎健太郎(2013)「Ribosomal RNAの人工水平伝播による大腸菌宿主デザイン」バイオインダストリー協会 新資源生物変換研究会シンポジウム「産業微生物の力を深化させる日本の技~育種の最前線~ 我が国独自の起点・技術から」
  23. 宮崎健太郎(2013)「リボソーム工学に基づく大腸菌の宿主機能改変」第65回 日本生物工学会大会
  24. Miyazaki K (2013) "Escherichia coli host engineering for efficient enzyme discovery" 2013 SIMB Annual Meeting, San Diego, USA
  25. 宮崎健太郎(2012)「メタゲノムを利用した有用酵素開発」次世代シーケンス メタゲノム解析セミナー, 北海道システムサイエンス
  26. Miyazaki K (2012) "Functional screening strategy" International Functional Metagenomics Workshop. Waterloo, Canada.
  27. 宮崎健太郎(2011)"Creation and evolution of insertional fusion protein" 細胞を創る研究会4.0
  28. 宮崎健太郎(2011)「リボソーム改変を起点とした微生物システム機能の理解に向けて」第10回 微生物研究会
  29. 宮崎健太郎(2011)「メタゲノムからの酵素探索」第34回 日本分子生物学会
  30. 宮崎健太郎(2011)「メタゲノムを活用した新規酵素の探索」第63回 日本生物工学会
  31. Miyazaki K (2010) "Functional metagenomics for enzyme discovery: A case study in glucose-tolerant beta-glucosidases" A-IMBN Regional Workshop on Gene Discovery from Uncultured Microbes Using Metagenomic Approach, Pathumthani, Thailand
  32. 末永 光、宮崎 健太郎(2010)「メタゲノム解析により明らかになった微生物の芳香環分解遺伝子の環境適応戦略」日本進化学会 第12回東京大会
  33. 宮崎健太郎(2010)「メタゲノムを利用した酵素スクリーニング」日本蛋白質科学会 第10回年会
  34. 宮崎健太郎(2010)「メタゲノムを利用した酵素スクリーニング」酵素工学研究会 第63回講演会
  35. 宮崎健太郎(2009)「メタゲノム解析とその応用研究」第9回 糸状菌分子生物学コンファレンス・シンポジウム
  36. 宮崎健太郎(2008)「メタゲノムを利用した"プレ"蛋白質工学」日本蛋白質科学会 第8回年会
  37. Miyazaki K (2007) "Mining enzymes from metagenome" SNU-KRICT Joint workshop on white biotechnology. Daejong, Korea
  38. Miyazaki K (2007) "Highly sensitive, high-throughput screening of metagenomic library for enzymes" JBA-AISTジョイントセミナー
  39. 宮崎健太郎(2007)「メタゲノムを利用した有用酵素開発」セルラーゼ研究会
  40. 宮崎健太郎(2007)「多様性を利用した酵素開発~メタゲノムと進化工学~」 財団法人 岩手生物工学研究センター 公開セミナー
  41. Miyazaki K (2007) "Highly sensitive, high-throughput screening of metagenomic library for biodegradation and biotransformation enzymes” Korea Research Institute of Chemical Technology seminar
  42. 宮崎健太郎(2006)「酵素の温度適応の分子進化機構」バイオウィーク in Sapporo
  43. Miyazaki K (2005) "Metagenomic approach to enzyme screening” NEDO-TEKES Joint Workshop
  44. Miyazaki K (2004) "Directed evolution study of temperature adaptation in a psychrophilic subtilisin” Korean Society for Biotechnology and Bioengineering
  45. Miyazaki K (2004) "Laboratory evolution approach to protein engineering” AIST/KOCI joint workshop
  46. 宮崎健太郎(2004)「定方向進化を加速する遺伝子変異手法」 理研シンポジウム
  47. 宮崎健太郎(2003)「蛋白質の進化分子工学:進化経路を設計する」 第52回 高分子討論会
  48. 宮崎健太郎(2003)「蛋白質の加速進化」 第5回 日本進化学会
  49. 宮崎健太郎(2002)「効率的な進化実験系の構築を目指して」 コンビナトリアル・バイオエンジニアリング研究会
  50. 宮崎健太郎(2001)「実験室内進化によるタンパク質の機能改変」 日本放線菌学会講演会 2001年
  51. 宮崎健太郎(2000)「DNAシャフリングにより酵素の機能をどこまでかえられるか?」 食品総合研究所
  52. Miyazaki K, Arnold FH (1999) "Biocatalyst engineering by directed evolution" INBIO Europe '99. Amsterdam, Netherlands

特許

成立・査定されたものについてのみ掲載しています。

  1. 「アンモニア消去液状試薬」6352847(H14/3/5)
  2. 「耐熱性イソクエン酸脱水素酵素の大量製造法」3469092(H15/9/5)
  3. 「DNAシャフリング」3882035(H18/11/24)
  4. 「イソクエン酸脱水素酵素」4061406(H20/1/11)
  5. 「耐熱性α‐L‐アラビノフラノシダーゼ」4280829(H21/3/27 )
  6. 「組み換えプラスミドの作成方法」4431778(H22/01/08)
  7. 「ラッカーゼ活性を有する新規タンパク質」5120884(H24/11/2)
  8. 「新規ブレオマイシン耐性遺伝子」5131828(H24/11/16)
  9. 「高濃度のグルコース耐性を有するβ-グルコシダーゼ」5392681(H25/10/25)
  10. 「酵素遺伝子スクリーニング法」5397666(H25/11/01)
  11. 「新規な芳香環水酸化酵素及びその遺伝子」5578598(H26/07/18)
  12. 「改変された致死遺伝子及び該遺伝子を含むベクター」5794558(H27/8/21)
  13. 「翻訳特性の改変された大腸菌」5984084(H28/8/12)
  14. 「新規なカウンターセレクション法」6256911 ( H27/5/7 )

プレス報道

受賞

  1. 日本農芸化学会 BBB論文賞 Crystal Structures of Glycoside Hydrolase Family 51 α-L-Arabinofuranosidase from Thermotoga maritima. Im DH, Kimura K, Hayasaka F, Tanaka T, Noguchi M, Kobayashi A, Shoda S, Miyazaki K, Wakagi T, Fushinobu S (2012) Biosci Biotechnol Biochem. 76(2):423-8.
  2. 日本生物工学会 トピックス演題「PIGEX法のハイスループット化の検討」内山 拓、 宮崎健太郎 (2011)
  3. セルラーゼ研究会 ポスター賞「単一成分欠損セルラーゼを用いた糖化反応機構の解析」河合哲志、土田幸広、井田紀子、矢追克郎、宮崎健太郎、岡田宏文、小笠原渉、小林良則、森川康(2010)
  4. 日本農芸化学会 口頭発表トピックス「メタゲノムアプローチによる環境中の芳香族化合物分解遺伝子の多様性解析」(2007)末永光、小山芳典、大貫努、宮崎健太郎
  5. 産業技術総合研究所 理事長賞 特別貢献(産総研憲章の起草)(2006)産総研憲章 | 産総研憲章制定の意味
  6. 化学・バイオつくば賞(1999)「耐熱性イソクエン酸脱水素酵素の臨床応用に関する研究」
  7. 東京工業大学大学院 卒業生総代(1994)

外部資金

進行中の課題
科学研究費補助金

  • 基盤研究(A)「大腸菌宿主翻訳機能の革新技術開発」(代表)19H00936 (2019/4/1 – 2023/3/31)

  • 挑戦的研究(開拓)「リボソーム改変による加速的生物進化工学の開発」(代表)研究課題 19H05538 (2019/6/28-2022/3/31)

  • 挑戦的研究(開拓)「大腸菌はどこまで速く増殖可能か?―増殖システムの効率限界の探索」(分担)研究課題 17H06254

終了課題
ImPACT

  • 人工細胞デバイスを活用した高速進化実験系の開発と臨床診断スーパー酵素の創成(代表)(2016/4/1 – 2019/3/31)

科学研究費補助金

  • 基盤研究(B)「大腸菌リボソームの可塑性と表現型進化の機構解明」(代表)研究課題 26292048 (2014/4/1 – 2017/3/31)

  • 新学術領域「冥王代生命学の創成」Thermus thermophilus リボソーム変異株の創成と進化」(代表)研究課題 15H01072 (2015/4/1 – 2017/3/31)

  • 挑戦的萌芽研究「リボソーマルRNAの抗生物質耐性変異の網羅的解析」(代表)研究課題 26670219 (2014/4/1 – 2016/3/31)

  • 新学術領域「合成生物学」「翻訳システム改変による人工細胞創成」(代表)研究課題 24119515 (2012/4/1 – 2014/3/31)

  • 挑戦的萌芽研究「rRNAの置換変異によるリボソーム可塑性の研究」(代表)研究課題 24651231 (2012/4/1 – 2014/3/31)

  • 基盤研究(B)「メタゲノム遺伝子の網羅的発現を目指した大腸菌宿主の開発」(代表)研究課題 23380197 (2011/4/1 – 2014/3/31)

  • 研究シーズ探索プログラム「異種16S rRNA導入に基づく新規細胞デザイン」(代表)(2011/7/1 – 2012/3/31)

  • 特定領域研究「環境修復・環境生態に関する先導的ゲノム研究」(分担)研究課題 17018003 (2007/4/1 – 2009/3/31)

  • 基盤研究(B)「ジェミニ型分子による表面キラル認識と光学分割」(分担)研究課題 15310098 (2003/4/1 – 2005/3/31)

NEDO

  • 加速的先導技術のうち共通基盤技術”酵素糖化・効率的発酵に資する基盤研究 (2008/9/1-2011/3/31)

  • 微生物反応の多様化・高機能化技術の開発,微生物機能を活用した環境調和型製造基盤技術開発/微生物機能を活用した高度製造基盤技術開発(2006/04/01-2008/03/20)

その他の活動

  • 【所属学会・研究会】 日本農芸化学会、「細胞を創る」研究会、極限環境生物学会

  • 【各種委員】 日本農芸化学会代議員(2008~2010)、国家公務員試験専門委員(2010~2011)、極限環境生物学会評議員(2016~)、極限環境生物学会シンポジウム委員(2008~2011)、科研費審査委員等。

  • 【Editorial Board】 Applied and Environmental Microbiology (2015~)、Scientific Reports (2019~)、Frontiers in Microbiology (2020~)

  • 【非常勤講師】 東京工業大学生命理工学研究科、慶應義塾大学、東京農工大学、京都大学農学研究科、東京大学農学生命科学研究科